Der langjährige Vorsitzende Peter Galm trat nach dem missglückten Ausflug ins Profigeschäft zurück. Immerhin konnte er den Verein finanziell intakt übergeben. Es folgten drei Jahre mit erfolglosen Vorständen und Trainern in der Bayernliga. Die am Saisonende 1993/94 verpasste Qualifikation für die neu gebildete Regionalliga bedeutete den Abstieg in die Viertklassigkeit.

Bereits im Februar 1994 hatte der neue Vorsitzende Gerhard Hertlein den Serben Djuradj Vasic als Coach verpflichtet. In mühsamer Aufbauarbeit führte Vasic den Verein 1998 zur Bayernligameisterschaft; als zwei Jahre später die Zahl der Regionalligen von vier auf zwei reduziert wurde, gelang als Tabellenelfter gerade noch die Qualifikation. Die überwiegend aus einheimischen Spielern (Ralf Scherbaum, Matthias Gerhard, Steffen Stockmann, Steffen Rögele, Dirk Dorbath, Dieter Wirsching, Jürgen Hain, Thorsten Seufert) zusammengestellte und nur um wenige Profis (Kristian Sprecakovic, Josef Tuma, Festus Agu) ergänzte Mannschaft startete mit dem Ziel Klassenerhalt in die Saison 2000/01. Völlig unerwartet konnte sie sich in der Spitzengruppe etablieren, viele Spieltage sogar als Tabellenführer. Am Saisonende schien dem Außenseiter die Puste auszugehen, doch reichte im letzten Saisonspiel ein 1:1 bei Wacker Burghausen, um sich gegen Eintracht Trier durchzusetzen und als Dritter hinter dem Karlsruher SC und der nicht aufstiegsberechtigten zweiten Mannschaft vom VfB Stuttgart in die 2. Bundesliga aufzusteigen.

Zur 2. Liga-Saison 2001/02 verpflichtete der Verein neben mehreren Nachwuchsspielern den gebürtigen Schweinfurter Martin Schneider, der mit der Erfahrung aus 379 Bundesligaspielen der Abwehr Halt geben sollte. Die Mannschaft trat zunächst als laufstarke, kompakte Einheit auf und konnte sich in der Vorrunde Dank ihrer Heimstärke von den Abstiegsrängen fernhalten, obwohl Routinier Schneider seine Karriere bereits nach wenigen Spielen verletzungsbedingt beenden musste. Höhepunkte in dieser Phase waren der 1:0-Sieg über Arminia Bielefeld (11.000 Zuschauer), das 3:3 gegen den VfL Bochum (9.800 Zuschauer) sowie das 4:2 über LR Ahlen mit Ermin Melunović als vierfachem Torschützen. In der Rückrunde allerdings konnte das Team nicht mehr an diese Leistungen anknüpfen und stieg als Vorletzter mit 24 Punkten ab.

Trotz Abstieg hielt Präsident Hertlein zunächst an seinem Weggefährten Vasic fest, als die Mannschaft im Herbst 2002 jedoch auch in der Regionalliga auf einem Abstiegsplatz stand, war der bei den Fans schon lange ungeliebte Coach nicht mehr zu halten. Mit Hans-Jürgen Boysen und einigen Neuzugängen konnte in der Rückrunde nach einer dramatischen Aufholjagd am letzten Spieltag durch ein 3:1 über den VfR Aalen vor 7000 Zuschauern der Klassenerhalt gefeiert werden. Obwohl die lokale Presse neben finanziellen Problemen auch von Unregelmäßigkeiten berichtete, erhielt der Verein die Lizenz für die Saison 2003/04, die einen ähnlichen Verlauf wie die vorige Spielzeit nehmen sollte: im Herbst stand die Mannschaft auf einem Abstiegsplatz, der Trainer wurde gewechselt (Rainer Hörgl für Boysen), neue Spieler verpflichtet, am Ende gelang wiederum der Klassenerhalt. Der schon seit längerem umstrittene Präsidenten Hertlein hatte den Verein mit eigenem Geld im Profibereich gehalten. Im Sommer 2004 gelang es Hertlein jedoch nicht mehr, die finanzielle Leistungsfähigkeit des Vereins nachzuweisen: Der DFB verweigerte die Regionalliga-Lizenz, der Zwangsabstieg in die Bayernliga war die Folge.