Nach dem Abschied vom Profifußball musste sich der Verein in der damals drittklassigen Bayernliga finanziell konsolidieren. In der Abschlusstabelle belegte er in den folgenden Jahren meist einen Platz im vorderen Mittelfeld. Ohne Aufstiegshoffnungen gestartet, erreichte man 1982 unter Trainer Otto Baum hinter dem FC Augsburg den zweiten Platz und nahm an der Deutschen Amateurmeisterschaft teil. Im folgenden Jahr jedoch stieg man völlig überraschend in die Landesliga Nord ab. Dem souverän erspielten Wiederaufstieg in die Bayernliga (1983/84) folgte ein weiterer Abstieg.

Nach der erneuten Landesligameisterschaft 1986 verpflichtete der Vorsitzende Peter Galm den ehemaligen Bundesligaprofi Werner Lorant (zunächst nur als Spieler). Als Spielertrainer übernahm Lorant nach einem missglückten Saisonstart im Herbst 1986 die sportliche Leitung. Aus einheimischen Spielern wie Bernd Häcker, Bernhard Pfister, Oliver Wölfling, Jens Schürer, Carsten Weiß, Rudi Gürtler, Reiner Wirsching, Rüdiger Mauder, Elmar Drenkard, Werner Köhler, Karl-Heinz Müller und dem zum Karriereausklang in die Heimat zurückgekehrten Erwin Albert formte Lorant eine schlagkräftige Elf, die 1989 Vizemeister der Bayernliga wurde, wobei auch der in der Winterpause vollzogene Wechsel von Wirsching zum 1. FC Nürnberg kompensiert werden konnte. In der Saison 1989/90 führte Lorant die Spieler auf den Zenit ihres Leistungsvermögens. Aus der Bezirksliga war vom FC Eibelstadt der junge Bernhard Winkler hinzugekommen. Das Team übernahm von Beginn an die Tabellenführung und errang nach einem dramatischen Finale (3:3 im letzten Saisonspiel vor 32.000 Zuschauern gegen den TSV 1860 München) die Meisterschaft. In der Aufstiegsrunde konnte man sich gegen den SSV Reutlingen und Rot-Weiss Frankfurt durchsetzen und stieg gemeinsam mit dem 1. FSV Mainz 05 in die 2. Liga auf. Im DFB-Pokal war in dieser Saison erst im Achtelfinale (0:3 gegen Eintracht Braunschweig) Endstation.

Der Aufstiegself fehlten in der folgenden Saison 1990/91 jedoch ihre wichtigsten Säulen: Trainer Lorant verabschiedete sich zu Viktoria Aschaffenburg, Winkler ging nach Kaiserslautern, Albert beendete seine Karriere. Die Strukturen im Verein waren nicht auf Profifußball ausgerichtet. Das „Abenteuer 2. Liga“ wurde zu einem Fiasko. Von Beginn an chancenlos, belegte man am Ende mit nur 13 Punkten den letzten Platz. Einer der wenigen Saison-Höhepunkte war das knappe 0:1 auf eigenem Platz vor 11.000 Zuschauern gegen Schalke 04.