In die Bayernligasaison 2004/05 startete die Mannschaft mit mehreren Akteuren aus dem Regionalliga-Kader. Doch schon nach wenigen Spielen musste Präsident Hertlein, der selbst größter Gläubiger des Vereins war, die Zahlungsunfähigkeit anmelden. Im Oktober 2004 erfolgte der Gang zum Insolvenzrichter, der einen Notvorstand einsetzte. Der FC 05 wurde aus der Bayernliga-Wertung genommen und stand als Absteiger fest, fast alle Akteure verließen den Verein. Um die Versetzung in die unterste Klasse zu vermeiden, mussten die verbleibenden Spiele als Freundschaftsspiele absolviert werden, was Dank der Mitwirkung von mehreren Spielern der Meistermannschaft von 1990 gelang. In dieser chaotischen Phase fand 2005 das 100-jährige Bestehen des Vereins keine Beachtung.

Nach Abschluss des Insolvenzverfahrens erfolgte ein Neustart in der Landesliga Nord. Die Gegner hießen nun nicht mehr Offenbach, Darmstadt und Stuttgarter Kickers sondern Lengfeld, Selbitz und FT Schweinfurt, statt 2.000 kamen nur noch 600 Zuschauer im Schnitt. Im zweiten Anlauf gelang dem neu formierten Team 2007 die Rückkehr in die Bayernliga, aus der man jedoch am Saisonende nach einer Niederlage im entscheidenden Relegationsspiel gegen den TSV Rain/Lech sportlich wieder abstieg. Nur aufgrund von Lizenzentzügen in höheren Klassen erhielt der FC 05 am grünen Tisch für die Saison 2008/09 einen Bayernliga-Startplatz zugesprochen. Dem im Profibereich erfahrenen Trainer Werner Dressel gelang es auch in der folgenden Saison nicht, das Leistungsvermögen der Mannschaft zu steigern.

Die für Landesligaverhältnisse hochkarätig besetzte Mannschaft blieb nach dem Abstieg zusammen. Sie unterlag im Meisterschaftsrennen 2009/10 dem Würzburger FV, konnte sich in der Relegation durch Siege über den VfB Eichstätt und die SpVgg Ansbach 09 aber doch noch den Aufstieg in die Bayernliga sichern. Dort etablierte man sich im ersten Jahr mit einem Platz im gesicherten Mittelfeld. Unter dem neuen Trainer Klaus Scheer nannte der Verein für die Qualifikationssaison 2011/12 den Aufstieg in die neue viertklassige Regionalliga Bayern als Saisonziel. Da die Erfolge aber ausblieben (vorletzter Tabellenplatz nach elf Spieltagen) wurde Scheer am 18. September 2011 vorzeitig beurlaubt. Als Interimslösung werden fortan der ehemalige U19-Trainer Udo Romeis in Zusammenarbeit mit Rüdiger Mauder versuchen, das Saisonziel doch noch zu verwirklichen. Die Saison beendete man auf dem 13. Tabellenplatz und qualifizierte sich damit für die Relegationsspiele zur Regionalliga Bayern. In der ersten Runde konnte man sich nach einem 1:1 auswärts und einem 0:0 zu Hause aufgrund der Auswärtstorregel gegen den SV Schalding-Heining durchsetzen und erreichte so die zweite Runde, wo man auf die zweite Mannschaft des FC Augsburg traf. Nach einem 0:0 in Augsburg unterlag man zu Hause mit 0:3 nach Verlängerung, womit der angstrebte Regionalligaaufstieg verpasst wurde. Somit spielte die erste Mannschaft des FC Schweinfurt 05 in der Saison 2012/13 in der Bayernliga Nord (5. Liga).

Unter dem neuen Trainer Gerd Klaus wurde der FC 05 Schweinfurt in der Spielzeit 2012/13 Meister der Bayernliga Nord und stieg in die Regionalliga Bayern auf.

Langfristig strebt man den Aufstieg in die 3.Liga und damit die Rückkehr in den deutschen Profifußball an.